The Quest for Extraterrestrial Life: What About the Viruses? Por Dale Warren Griffin (Oscar Agredano)

The Quest for Extraterrestrial Life: What About the Viruses? Por Dale Warren Griffin

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

Fuera del debate de si los virus están vivos o no, están y han estado interactuando con la vida probablemente desde su origen en el planeta. Así como son también son unos de los responsables de la Tierra tal como la conocemos de diversa y abundante de vida por la facilidad con que transfieren genes de un organismo a otro. Lo que significa que si se llegaran a encontrar alguna forma de virus extraterrestre estos advertirían la presencia de vida extraterrestre.

 Puesto que algunos virus no sobreviven mucho tiempo fuera de un organismo huésped y bajo condiciones “normales”, se han descubierto virus que además de soportar ambientes extremos ya sean altas o bajas temperaturas y que además llegan a permanecer activos hasta por 40 años, así como también se han reactivado virus que se encontraban perpetuados en ámbares de más de 30 millones de años. Sin embargo los virus no son capaces de replicarse por sí mismos y es la principal razón por la que  el debate de si están vivos o no sigue y seguirá abierto, lo que sí sabemos es que si hay vida hay aun mas virus, no solo son los principales depredadores de los océanos si no que también los más abundantes.

Fecha 13 de noviembre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/oDNM0626dz/virus%20y%20astrobiologia.pdf

Some like it hot, some not por Jayne Belnap (Oscar Agredano)

Some like it hot, some not por Jayne Belnap

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

La distribución humana en el planeta se encuentra concentrada a mayor proporción en los Trópicos y Ecuador por la temperatura que hacen posible la existencia de recursos necesarios para la vida, es decir gracias a las condiciones  ambientales tendemos a proliferar en este tipo de ecosistemas más que en por ejemplo el Ártico donde la temperatura es baja al igual que los recursos.

Pues lo mismo para con los microorganismos, hay algunos que les gusta el calor, mientras que otros no y muchas macro especies dependen de estos pequeñuelos. Por ejemplo, las bacterias fijadoras de nitrógeno, (que solamente pueden vivir dentro de un rango de temperatura y otros  hacen posible la existencia de ciertas especies de plantas quienes a su vez permiten el desarrollo de otras especies desde aves, insectos hasta animales herbívoros  los cuales a su vez mediante sus desechos/polinización entre otros procesos promueven o facilitan la vida otros microorganismos. Por lo que sobra decir que en este planeta todo tiene que ver con todo y que formamos parte de una gran simbiosis que incluye tanto a los mas pequeños como a los más grandes y como se puede ver en las investigaciones de Garcia-Pitchel la temperatura afecta o permite vivir a determinados organismos, por lo que un cambio climático representaría una verdadera amenaza, al menos para los que actualmente estamos viviendo cómodamente.

Fecha 12 de noviembre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/pH39s6h72-/costras%20del%20desierto.pdf

A Darwinian View of the Hygiene or “Old Friends” Hypothesis por Graham A. W. Rook (Oscar Agredano)

A Darwinian View of the Hygiene or “Old Friends” Hypothesis por Graham A. W. Rook

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

Cualquier madre sin la necesidad de ser etiquetada como sobre protectora, no permitiría que su bebe o hijo pequeño jugara con lodo, lombrices, suciedad en general, ¿Pero qué tan benéfico puede resultar eso? David Strachan epidemiólogo de la Londres, nos contesta: prácticamente nada. Esto debido a que la evolución actúa de manera similar al desarrollo en el sentido que el ser humano prácticamente ha ido co-evolucionando a manera de simbiosis con determinados microorganismos, así como fortaleciendo su maravilloso sistema inmune, de manera que cada individuo en el periodo de desarrollo, desde el momento del nacimiento comienza almacenar en su biblioteca de amenazas conocidas, por lo que no es necesariamente peligroso que los niños exploren y se lleven lo que se encuentren en el camino a la boca.  Estudios como el de Strachan han demostrado que la gente de campo (que esta mas en contacto con ambientes rurales) tienden a ser menos propensos a determinadas enfermedades y alergias, que la gente de cuidad.

Al igual que el sistema inmune se “actualiza” velozmente, igualmente lo hacen las bacterias y virus, por lo que cada vez estos tienen mayor resistencia a antibióticos, es decir estamos creando un ejército de super-microorganismos , por lo que sería oportuno valorar el papel de los médicos en la actualidad y la facilidad con la que se recetan medicamentos sin pleno conocimiento de lo que se está enfrentando, es decir darles unas clasecitas de biología.

Fecha: 8 de noviembre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/JtX4D26Y5M/higieneysalud.pdf

Signaling between Bacteria and Their Hosts por Y Nguyen and Vanessa Sperandio (Oscar Agredano)

Signaling between Bacteria and Their Hosts por Y Nguyen and Vanessa Sperandio

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

Bastante es lo que se sabe de la comunicación que individuos de una misma especie, por ejemplo los monos que advierten a sus semejantes de la presencia de algún depredador, o las ballenas, delfines y marsopas que aprovechan las propiedades físicas del agua para comunicarse a través de enormes distancias dentro del mar. Pero ¿qué hay de la comunicación entre especies que pertenecen a distintos dominios? Nguyen y Sperandio nos muestran la importancia de la comunicación entre microorganismos como bacterias y  el organismo Eucarionte que lo alberga, como por ejemplo el ser humano. El ser humano lleva una estrecha relación con los diferentes microorganismos que alberga, en especial con la flora intestinal con quienes nos relacionamos a manera de simbiosis y se encuentran en el organismo probablemente desde el origen del hombre, debido a que además de degradar cosas que el sistema digestivo no puede por sí mismo (como por ejemplo E. coli quien se encarga de sintetizar la vitamina K), sino que además pelean su lugar de permanecer a bordo de nosotros contra otros organismos ajenos. Nuestro propio sistema inmune se encarga también de luchar contra bacterias ajenas, pero existen veces como con E. coli O157:H7 donde en lugar de coexistir de manera simbiótica se torna agresiva, virulenta y patógena causando diarrea sangrienta y el síndrome urémico hemolítico, esto en respuesta a señales humanas, con la liberación de determinados neurotransmisores en este caso adrenalina y noradrenalina. El valor de poder entender esta comunicación entre huesped y hospedero son las aplicaciones que se pueden llevar a desarrollar en pro de la salud humana, es decir en forma de medicina para acabar con cualquier patógeno mediante este medio de comunicación químico.

Fecha: 5 de noviembre de 2013

Fuente:https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/Mu_PZ2qOy/se%C3%B1alesbacterias%20y%20huespedes.pdf

Tracking Winners and Losers in E. coli Evolution Experiments por: Lindsey N. Wolf and Jeffrey E. Barrick (Oscar Agredano)

Tracking Winners and Losers in E. coli Evolution Experiments por: Lindsey N. Wolf and Jeffrey E. Barrick

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

El experimento de Lenski y las E. coli nos permite echar un vistazo a los procesos semejantes a los que pasa la evolución y nos puede ayudar a entender su complejidad, así como en los factores como el tiempo que nos pueden dar una infinidad de pistas para reconstruir o darnos una idea de cómo es que se forman nuevas especies y como se van dando diferencias dentro de una misma especie.  Esta “evolución artificial” hace resaltar el preciso mecanismo de evolución que va contracorriente y aun así se hace notar por medio de mutaciones (las cuales no siempre modifican los genes) y logro en el caso de dicho experimento hacer que cierto grupo de E. coli se adaptara al medio y de esta manera mejorar sus habilidades para competir por glucosa.

Un aspecto que se tiene que tomar en cuenta al analizar este tipo de trabajos, es que cada evento es único e irrepetible y un experimento de esta índole nunca nos va a poder contar la historia de la diversidad de la vida, ya que existen una infinidad de factores en el campo a diferencia de en un laboratorio que pueden influir en los resultados, sin embargo este tipo de experimentos nos permiten acercarnos al menos un poco a lo que ocurre en la naturaleza.

Fecha: 3 de octubre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/7DPjFI4Xqy/evolucionexperimental.pdf

New Genes Arise via Innovation, Amplification, Divergence por Dan I. Andersson and Joakim Näsvall (Oscar Agredano)

New Genes Arise via Innovation, Amplification, Divergence por Dan I. Andersson and Joakim Näsvall

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

Sabemos que las bacterias pueden transferir material genético de distintas formas, ya sea por transducción, conjugación o transformación, estos medios incluyendo la transferencia horizontal de genes son una clave esencial para explicar la biodiversidad del planeta y con ello la evolución del mismo.

Susumo Ohno quien retomo los trabajos de Muller, Haldane y Bridges nos propone la amplificación de genes adaptativos donde plantea la idea de que los genes tienen una actividad secundaria que se puede expresar o ser útil en caso de un cambio de condiciones ambientales mediante la duplicación de genes. El problema con esto es que “cualquier mutación que llevan una copia para llevar a cabo una nueva función disminuirá la fuerza de la selección para la conservación del duplicado” según Dan Andersson, por lo que “ganar una nueva función generalmente reduce la actividad principal u original”, lo que significaría que una duplicación se pueda mantener de forma selectiva y favorecer a la población así como también seria libre de divergir y adquirir cualquier otra nueva función.

Davis y Andersson proponen la amplificación de innovación de divergencia, donde se explica que si las condiciones ambientales generan un ambiente donde la actividad secundaria es útil la selección se encargara de amplificarla, donde resultaran varias copias del gen con actividad doble, por lo que cualquier mutación que no resulte benéfica o favorable se  amortiguara.

29 de octubre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/i6kiX35f8o/newgenes.pdf

The Excitement of Clinical Microbiology por Elio Schaechter (Oscar Agredano)

The Excitement of Clinical Microbiology por Elio Schaechter

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

La microbiología tal y como hoy en día la conocemos partió de la necesidad de averiguar que microorganismo causaba determinada enfermedad, lo que hoy en la actualidad  se conoce como la microbiología clínica que es una de los campos de la microbiología que se encarga de estudiar la morfología de microorganismos. Con el avance de la ciencia y su mejor amiga la tecnología, se han creado maquinas que diagnostican automáticamente a los microorganismos presentes en orina, sangre, heces fecales, etc. Mediante incubadoras que monitorean microbios que producen dióxido de carbono, pruebas de PCR, pruebas de fermentación de azúcar y demás, pero el detalle que se muestra en el artículo es que estas maquinas nunca van a poder igualar la calidad de observación que puede llegar a tener un ser humano altamente entrenado que puede determinar           entre un streptococcus hemolítico tipo A o B, solo por la forma del estriado. Creo que es acertado reconocer la importancia de este personal capacitado, estoy de acuerdo en que puede llegar a haber algún tipo de error, pero de igual manera puede pasar con las maquinas, solo que nosotros como humanos poseemos la capacidad de reconocer esos errores, cosa que la maquinas no podrían lograr sin la intervención humana.

29 de octubre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/GLkuVBWYlW/diagnosticoXXI.pdf

Reconstructing the Tree of Life por Oscar Agredano

Reconstructing the Tree of Life por Kristen S. Swithers and Laura A. Katz

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

La imagen que tenemos actualmente del árbol de la vida nos plantea una transferencia vertical ramificada donde un organismo recibe material genético de antepasados de los cuales ha evolucionado. En el caso de las Archeas y Bacterias se ha demostrado otro tipo de transferencia genética, de manera horizontal, es decir a partir de un organismo que no es descendiente o que no pertenece a la misma rama del árbol. Estas trasferencias horizontales se llevan a cabo por distintos mecanismos, ya sea transferencia mediante los plásmidos, virus o incluso transformando moléculas de ADN del ambiente. Este mecanismo de transferencia horizontal juega un papel importante en la evolución no solo de las Archeas y Bacterias sino que también de organismos Eucariontes, así como también se han demostrado estos intercambios genéticos no solo entre organismos del mismo dominio, sino que también entre organismos de distintos dominio. Ford Doolittle propone que los genes de la comida de los eucariontes podrían accidentalmente incluirse al genoma del predador. Esta teoría nos ayuda a comprender de alguna manera el origen de organismos complicados y sus distintas partes y sus funciones como el caso de las mitocondrias o de los cloroplastos, que tal vez fueron adquiridos de otros organismos mediante este tipo de transferencia y de esta manera nos replantea el árbol de la vida más bien como una telaraña mucho más compleja y difícil de descifrar.

16 de octubre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/mVs2Kr4-bY/tree%20of%20life.pdf

The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo Groisman (Oscar Agredano)

The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo Groisman

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

La diferenciación de especies dentro de una misma familia es esencial no solo por el hecho de conocer de que se alimentan o el hábitat en que viven y las condiciones en que lo hacen como por ejemplo la temperatura, en el caso de las bacterias es realmente importante ya que microorganismos pertenecientes a una misma familia resultan ser patogénicos o benéficos para el organismo huésped. Como en el caso de los humanos la Salmonella entérica que nos causa una enfermedad cuya principal manifestación es la gastroenteritis aguda  o el caso de Escharichia coli quien forma parte esencial de nuestra flora intestinal, ambas pertenecientes a la misma familia de Enterobacterias.

¿Pero que es lo que hace a estas primas ser patógenas o no? La respuesta es la genética que las separa, ya sea por genes que tenga una y la otra no o un supresor de genes o variación en la secuencia de aminoácidos de las proteínas, estas probablemente ocurrieron mediante un proceso conocido como transferencia horizontal de genes o por la diferente secuenciación en diferentes proteínas y estos pequeños cambios alteran dramáticamente las funciones. 

Este tipo de variaciones genéticas son abundantes en organismos procariontes a diferencia de los eucariontes y probablemente se la razón de la gran diversificación de bacterias, convirtiendo a las bacterias en la forma más abundante de vida.

24 de septiembre de 2013

            Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/2CCiUOcCPb/Nueva%20carpeta/enterobacterias.pdf

Interactions with Partners Are Key for Oceanic Nitrogen-Fixing Cyanobacteria por Jonathan P. Zehr (Oscar Agredano)

Interactions with Partners Are Key for Oceanic Nitrogen-Fixing Cyanobacteria por Jonathan P. Zehr

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

La fijación del nitrógeno es la base de interacciones simbióticas entre bacterias y leguminosas, plantas y animales terrestres.  En los océanos las cianobacterias son las encargadas de este proceso el cual da como resultado el regreso del Nitrógeno a la atmosfera, lo cual es esencial en el ciclo de dicho elemento e incluso para la vida. Estas cianobacterias se pueden encontrar en flotando en la superficie para obtener luz solar, así como en aguas profundas para obtener fosforo y hierro. Existe gran diversidad de dichos microorganismos y el  uso de oxigeno para la fotosíntesis de estos organismos no inhibe la fijación del nitrógeno.  Las cianobacterias marinas realizan la misma tarea que sus primas terrestres quienes gracias a la fijación del nitrógeno facilitan la vida a múltiples organismos.  Las cianobacterias se han aliado a las diatomeas que son algas unicelulares microscópicas con quienes realizan una interacción simbiótica donde se transfieren nitrógeno  la una a la otra. Existen muchos tipos de simbiosis entre los distintos tipos de cianobacterias fijadoras de nitrógeno como las unicelulares que están estrechamente vinculadas con las haptophytas que son también un grupo de algas unicelulares, estas células son demasiado cercanas e incluso trabajan como una misma sin estar una dentro de la otra, este lazo entre las distintas células nos hace reflexionar si en el erase una vez fue probablemente lo que sucedió cuando los cloroplastos evolucionaron a manera de endosimbiontes lo que  desemboco en los principales linajes de microalgas.

20 de septiembre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/YXPL8A-kcF/fijacionNmar.pdf

Microbial Origins and Consequences of Dimethyl Sulfide por: Andrew W. B. Johnston (Oscar Agredano)

Microbial Origins and Consequences of Dimethyl Sulfide por: Andrew W. B. Johnston, Jonathan D. Todd, and Andrew R. J. Curson

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

La importancia del dmsp para la vida en en  el mar, DMSP es producida por organismos marinos como el fitoplancton, donde es esencial para realizar determinadas funciones, como de defensa y protección, este producto químico es muy importante en el mundo marino, es muy abundante entre los organismos que lo producen (actualmente se producen alrededor de 1 000 000 000 millores de toneladas en los mares). El DMS es producto de la descomposición de DMSP, a través de microbios marinos que logran romper  el DMSP en DMS, siendo este uno de los principales conductos por el cual lleva el azufre del mar al aire y de regreso a la tierra por medio de la precipitación.

Parte del DMS es catabolizado por microbios marinos pero alrededor de 50 toneladas logran llegar a la atmosfera donde se oxida para formar iones que se unen a moléculas de agua formando nubes y de esta manera reduciendo la radiación en la superficie de la Tierra, por lo que distintos animales marinos que son sensibles al DMS, como son focas, crustáceos y pingüinos se acercan debido a que señala potencial de obtener comida.

Actualmente se llevan a cabo investigaciones en la Universidad de Georgia en Atenas, así como en Norwich en el Reino Unido, donde se enfocan en la genética y genómica de las vías que liberan el DMS del DMSP. En dicha investigación se encontraron con distintos genes y enzimas las cuales se encuentran en distintas bacterias  que logran catabolizar el DMSP por lo que llegaron a la hipótesis que es un sutrato relativamente nuevo por lo que aun se encuentran en un proceso de evolución o aprendizaje  de sus sistemas catabólicos dejando abiertas un sinfín de preguntas y posibilidades.

20 de septiembre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/kzUSOb4jab/ciclo%20del%20azufre.pdf

Oceans of Crenarchaeota: a Personal History Describing This Paradigm Shift por: Jed A. Fuhrman (Oscar Agredano)

Oceans of Crenarchaeota: a Personal History Describing This Paradigm Shift por: Jed A. Fuhrman

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

En el pasado el pasado la forma de catalogar a los seres vivos era de dos formas Procarionte o Eucarionte, estos dos grandes dominios abarcaban todos los seres vivos dividiendo a los organismos que poseen celular con núcleos definidos y los que no presentaban núcleo definido. No fue hasta 1977 que Woese y Fox instauraron el sistema de tres dominios basándose en las diferencias encontradas en la secuencia de ARN ribosomal, estos tres dominios son: Bacteria, Archea y Eucaria.

El dominio nuevo Archea se divide en dos reinos Crenarchaeota que contenía a grupos de termófilos, y e Euryarchaeota que estaba formado por metanogenos y halófilos que son organismos que viven en condiciones salinas extremas. El estudio realizado por Fuhrman, McCallum, y Davis donde tomaron muestras a media profundidad en alta mar y encontraron organismos cuyo 16s era demasiado cercano a lo que Woese llamaba Crenarchaeota esto fue imprevisto pues se creía que los pertenecientes a dicho reino no suelen habitad aguas bien oxigenadas, con salinidad y temperatura ordinaria como las muestras de agua de mar obtenidas. Este descubrimiento revelo que dichos microorganismos son extremadamente abundantes y componente esencial del metabolismo del mar profundo.

Hoy en día gracias al desarrollo de la ciencia y tecnología se han logrado descubrimientos inimaginables, pero más importante es el uso de estos y poder analizar con ayuda de estos pues si bien dicen que todo está solo falto ser descubierto, es ahí donde recae la importancia del uso y desarrollo del pensamiento científico.

20 de septiembre de 2013

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/mvGteNS5pi/crenearcheotas.pdf

Microbial Syntrophy: Ecosystem-Level Biochemical Cooperation por Michael J. McInerney, Jessica R. Sieber, and Robert P. Gunsalus (Oscar Agredano)

Microbial Syntrophy: Ecosystem-Level Biochemical Cooperation por Michael J. McInerney, Jessica R. Sieber, and Robert P. Gunsalus

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

Sabemos que la tanto la materia como la energía no se crea ni se destruye solo se transforma y este principio aplica incluso a nivel bacteriano y no solo eso sino que la materia/energía liberada como desecho de un organismo puede ser el pan de cada día de otro. Sabemos que los ciclos biogeoquimicos se basan en el procesamiento natural de distintos elementos como puede ser azufre o incluso el agua.

Un elemento esencial en dichos ciclos somos los seres vivos que de distinta manera transformamos todo a nuestro paso, como se puede observar en la respiración celular, donde: 1  glucosa + 6 oxigeno se transforman en: 6 agua + 6 dióxido de carbono + energía.  Todos estos elementos son indispensables para la vida y los obtenemos de los “desechos” de distintos organismos como plantas y bacterias.

El mutualismo y la simbiosis son características que han permitido la vida prácticamente desde el origen y a nivel bacteriano es prácticamente una analogía a pequeña escala de lo que sucede con organismos como nosotros, pero finalmente no podríamos existir si los microorganismos no realizaran estas funciones como el caso de bacterias que son esenciales en la descomposición y ciclo de nitrógeno, pero a su vez se crea una cadena reciproca que permite la vida en sus distintas formas, por lo que me atrevería a decir que la simbiosis y mutualismo no es exclusivo de ciertos organismos como  por ejemplo las distintas bacterias que habitan en los distintos niveles de un tapete microbiano, sino que todos los organismos formamos parte de un mutualismo global en donde cada uno de los organismos está ligado entre si , pues si bien dicen que todo tiene que ver con todo.

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/vu3ByFp1iy/ciclos%20biogeoquimicos%20y%20genomas.pdf

17 de septiembre de 2013

"The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo A. Groisman" (Oscar Agredano)

The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo A. Groisman

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

La variabilidad genética es la responsable de todo lo que existe y existirá con vida en este planeta, existen formas de vida mucho más simples y autosustentables de lo que es la forma de vida humana, sin embargo por alguna razón a la vida le gusto complicársela.  

Esta variabilidad genética lo es todo cuando hablamos sobre la supervivencia de microorganismos, no digo que no sea el caso en otras formas de vida, como podría ser entre perros y lobos. No obstante en el caso de microorganismos como las cianobacterias menos de 500 genes significan la vida o la muerte, pues si se toman muestras de distintos mares y se intercambian, estas no logran sobrevivir debido a las condiciones de luz, salinidad, etc. 

Por otro lado esta versatilidad de microorganismos ha impactado al ser humano al resultar de carácter patógeno o no patógeno. Por ejemplo Escherichia coli quien forma parte de nuestra flora intestinal y día a día nos ayuda a un buen funcionamiento del sistema digestivo de manera reciproca nosotros proporcionamos un hábitat propicio para la vida de estos pequeños seres. En tanto que si observamos a su prima la Salmonella Enterica, quien cuando va de visita con su prima E. coli dentro de nuestras vísceras logra provocar una gastroenteritis aguda. Como es que siendo genéticamente tan parecidas en realidad son totalmente distintas en cuanto a lo que comen, donde viven y lo que producen.  Es ahí donde recae la importancia de la diferenciación de especies mientras que una  especie nos da vida, la otra nos la limita.

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/EtAw2kDuKq/enterobacterias.pdf

11 de septiembre de 2013

Unveiling Prochlorococcus por Sallie W. Chisholm (Oscar Agredano)

Unveiling Prochlorococcus por Sallie W. Chisholm

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

El artículo nos muestra como existe un mundo más allá de limitada visión humana, incluso cuando este mundo aparentemente aislado con el nuestro en realidad está directamente vinculado.

Me podría atrever a decir que el escepticismo y la perseverancia humana son el principal motor del desarrollo científico, pues el ir más allá de lo que se conoce y de lo que está establecido, tal es el ejemplo que nos pone  Sallie             Chisholm en su artículo, donde la observación e investigación de Plochorocuccus, estos organismos desembocaron en el descubrimiento de un engranaje importante en el funcionamiento de la Tierra, esto debido a que estos pequeñuelos son mucho  más abundantes que el fitoplancton, ambos encargados de la fotosíntesis en el mar, proceso bastante significativos para cualquier ser vivo.

Este microorganismo siendo la esencia de la vida, como la describe Sallie, logra separar el agua en hidrogeno y oxigeno usando la luz solar con tan solo 1 700 genes que la conforman, mientas que para nosotros los humanos  con alrededor de 20 000 es algo imposible. Pero este microorganismo también nos muestra la escancia de la vida de manera que al comparar Plochorocuccus de distintas aguas marinas del planeta, se puede observar la diversidad en pequeña escala, debido a que comparten unos 1 200 genes de base, el resto hace que cada uno de estos organismos sobreviva en entornos aparentemente iguales a simple vista, pero en realidad ningún pode estos podría habitar en el lugar del otro. Esto se pudo lograr observar gracias al desarrollo de la mejor amiga de la ciencia, es decir la tecnología, pues gracias a al secuenciación de genes hoy en día se conocer mas allá de lo que nuestros sentidos nos lo permite.

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/hovBYtgYMm/la%20ciano%20mejor%20conocida.pdf

10 de septiembre de 2013

“Gut Microbe-Host Metabolic Interactions in Health and Disease” por Jia Li & Julian Marchesi (Oscar Agredano)

“Gut Microbe-Host Metabolic Interactions in Health and Disease” por Jia Li & Julian Marchesi

Grupo 5013 UNAM

PROFRA. Valeria Souza

Los microbios y bacterias se encuentran en la Tierra desde tiempos remotos y su papel es de suma importancia para el equilibro biológico, desde descomponer los excrementos del ganado, sintetizar el azufre en el fondo del mar, formando parte de la los ciclos esenciales para la vida.

Pero no hay que ir tan lejos para valorar su importancia, más bien habrá que hacer una introspección, pues se encuentran en nuestras entrañas y tienen que ver más de lo que uno se puede imaginar  en funciones digestivas y metabólicas. Se ha descubierto que enfermedades desde problemas gastrointestinales, cáncer de colon, obesidad y diabetes están directamente relacionadas con los microbios presentes en nuestro sistema digestivo.      

En un experimento se implantaron microbios en una rata genéticamente modificada con diabetes (sin obesidad), logrando disminuirlo, comprobando el papel de las bacterias en el sistema. La aplicación de las bacterias también ha impactado la cirugía, la denominada cirugía metabólica, en especifico la gastrectomía donde se remueve parte del estomago lo que genera mejoras en el sistema desde supresión del apetito hasta control del diabetes. 

Se ha descubierto que estos microbios intestinales no solo interfieren en procesos metabólicos y siendo un factor importante en los enfermedades “digestivas” por así llamarlas, sino que otros estudios han demostrado que también juegan un determinado papel en enfermedades de carácter neurológico, tales como el Alzheimer y el autismo, encontrarse niveles inusuales de dichos microorganismos en la orina con pacientes que padecen las enfermedades.

Aunque aún no se conocen precisamente como  es que todo esto se lleva a cabo, es importante reconocer la importancia de dicho objeto de estudio ya que puede ser una respuesta a futuros tratamientos de distintas enfermedades, por lo que dichas investigaciones bastante significativas.

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/BCnemYnUks/enfermedad%20y%20salud%2C%20tripas.pdf

 3 septiembre de 2013

“Living Machines” por Natalie Kuldell (Oscar Agredano)

“Living Machines”  por Natalie Kuldell

Grupo 5013 UNAM

Profra. Valeria Souza

La competividad humana es una cualidad que de alguna manera ha empujado el desarrollo científico/tecnológico a lo largo de la historia, lo podemos ver en el caso de las guerras donde la rivalidad entre países llevo desde el descubrimiento de nuevos elementos a el lanzamiento de los primeros satélites espaciales durante la guerra fría. Pero no todas estas competencias con bélicas o con fines de lucro.  En MIT se llevan a cabo competencias desde hace ya varias décadas entre estudiantes de ingeniería mecatronica donde ponen en práctica sus habilidades y conocimiento para construir un robot con determinados componentes y de esta manera vencer a los robots de otros equipos.

Hace unos 10 años, también en MIT se celebra la competencia entre estudiantes de distintas partes del mundo en biología sintética o también conocida como ingeniería biológica, esta competencia ha ido creciendo cada año y en 2004 un grupo de estudiantes apareció en la revista “Nature” gracias a su participación donde lograron transmitir a través de bacterias la palabra “hello” mediante la manipulación genética.

El propósito de este tipo de actividades no es solo poner a prueba a los estudiantes sino que también que cada vez más gente se interese por la ciencia y se logre compartir y dar a conocer estos novedosos proyectos  y también se invita a adoptar este sistema  para lograr un aprendizaje holístico y significativo que va mucho más allá de la memorización.

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/KbALW8-8eh/como%20ensamblar%20la%20vida.pdf

 3 de septiembre de 2013

Oscar Agredano

Habitabilidad microbiana de mundos congelados

Oscar Agredano Grupo 5013

Habitabilidad microbiana de mundos congelados por John Priscu y Kevin Hand

La vida fuera de la Tierra es un enigma contra el que hombre ha venido desde luchando desde mucho tiempo atrás, pero no fue hasta el siglo pasado que gracias al avance de la ciencia y tecnología, la exploración espacial se convirtió en una realidad y con esto un paso mas cerca de responder a la pregunta ¿Existe vida fuera de la Tierra?

Vida no necesariamente en el sentido de alienígenas evolucionados e inteligentes, sino vida en su forma más simple, microrganismos que siguiendo las leyes de la Tierra probablemente habiten en el agua, en estado líquido. Se han descubierto hielo en distintas zonas dentro del sistema solar como en Europa (luna de Jupiter), pero la vida no solo requiere agua, sino que también una fuente de energía y una serie de bioelementos esenciales y un sinfín de condiciones como estabilidad, temperatura y radiación especifica.

En Europa no solo se ha comprobado la existencia de capas de hielo sino de procesos similares a los de la Tierra que dan un empujoncito a la vida, como el ciclo del Azufre, potencializando incrementando la posibilidad de habitabilidad. Otro punto importante que sustenta esta posibilidad es el proceso de acoplamiento que existe entre los oxidantes de la superficie y los reductores que se encuentran en el fondo marino.

Actualmente en la Tierra existen organismos como en el Lago Vostok en la Antartida bajo condiciones extremas, aunque evidentemente no tan extremas como en las lunas de Jupiter, son ejemplos de como la vida se adapto al frio, estando bajo 3 kilómetros de hielo y a la obscuridad, sin haber tenido contacto directo con la atmosfera terrestre desde hace 1.5 millones de años. También esta el caso  otro ecosistema subglacial, el de las “Blood Falls”, donde hace aproximadamente unos 5 millones de años donde aguas marinas fueron encapsuladas y llevan al igual que el lago Vostok millones de años sin tener contacto directo con la atmosfera terrestre, lo cual no fue un impedimento para la vida, lo que nos hace soñar si algo similar podría o pudo haber sucedido en Europa, debido a que cuenta con los elementos clave para la vida que son: agua liquida, bioelementos indispensables, energía, superficie catalítica y  ultimo pero no pero eso menos importante, el tiempo. Pues como dice el dicho: en al camino al éxito lo único que no debe de haber es prisa.

Vida: ¿Inevitable o pura casualidad?

Oscar Agredano

Grupo: 5013

Vida: ¿Inevitable o pura casualidad? Por Nick Lane, Magazine Issue, 25 Junio de 2012

Si la vida ha tenido éxito en alguna otra parte del universo, porque no tenemos una señal de esto, no necesariamente el hecho de una invasión alienígena sino señal de cualquier tipo de vida.  Tal vez la respuesta a esto no se encuentre a millones de años luz en alguna galaxia en el espacio sino que probablemente esta entre nosotros en el planeta tierra.

Un elemento clave para explicar el origen de la vida es la energía expresada en ATP, combustible transformado y reciclado constantemente por los organismos que a su vez es obtenida por medio de la comida. Hoy en día la mayor parte de la energía es obtenida del Sol, existen rastros de que los primeros organismos obtenían su energía de reacciones de hidrogeno y dióxido de carbono, quienes eran abundantes en la Tierra primitiva, estos mismos organismos probablemente utilizaban mucha mas energía de lo que las células modernas.

Existe un abismo entre lo que se conoce como ancestro común o digamos una bacteria y cualquier organismo eucarionte, por lo que se llego a la hipótesis de que células simples no tienen la capacidad de evolucionar en formas complejas como eucariontes.  Por lo que se crea una paradoja ya que estas células para que puedan crecer de tamaño se necesitan una gran cantidad de energía y lo que pasa con las células simples como las bacterias es que entre mas genes ganan pueden hacer menos con ellos.

¿Entonces como se puede explicar el origen de los organismos eucariontes?  ¡endosimbiosis! Una célula simple terminó dentro de otra, esta célula endosimbiótica evoluciono pequeños generadores de energía, la mitocondria quien poco a poco fue desechando lo innecesario pasando de tener unos 3000 genes a alrededor 40 en la actualidad.

Volviendo a los aliens, ¿Por qué habiendo en le universo los elementos clave  (agua, rocas y dióxido de carbono) para la formación de células simples, no hemos recibido ni un pista o huella de vida inteligente aun? La respuesta según Frank Drake es que aunque existan planetas (que sabemos que existen) con características muy similares a las de la Tierra y donde probablemente haya o haya habido vida, el problema recae en que solo el 1 % de esta vida tiene la oportunidad de evolucionar en vida inteligente. Por lo que me atrevo a decir que somos producto de una casualidad.

Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/JB3P0HOTlI/Preview%20of%20%E2%80%9CLife-%20is%20it%20inevitable%20or%20just%20a%20fluke_%20-%20life%20-%2025%20June%202012%20-%20New%20Scientist%E2%80%9D.pdf

reseña valorativa

El articulo “como un pastel de lodo nos puede contar la historia de la día desde el erase una vez” de Valeria Souza y Luis E. Eguiarte nos lleva de la mano a través de la transformación de microorganismos muy simples que partieron del ancestro común hace aproximadamente  4, 100 millones de años  y como poco a poco lograron desarrollar determinadas características hasta llegar a la formación de organismos complejos capaces de obtener energía a través de la luz solar, así como    distintas funciones metabólicas, hasta llegar a la vida tal y como se encuentra ahora.

El artículo también nos muestra como en el mundo actual existen residuos de aquel pasado primitivo, el mencionado pastel de lodo juega el papel de fósil viviente  que junto con los conocimientos y la tecnología actual permitió a los autores del artículo realizar un análisis a profundidad.                                      

La importancia de este articulo recaen en el poder darnos cuenta de la importancia de la observación y la investigación así como también de la preservación  de ecosistemas tan particulares como el de Cuatro Ciénagas donde algo aparentemente irrelevante como el lodo se convierte en una máquina del tiempo como dice el texto y nos permite llegar hasta el origen de la vida en nuestro planeta, por lo que es responsabilidad de todo contribuir en la manera en que sea posible ya sea desde reciclando, haciendo un uso consiente y regulado de recursos e incluso difundiendo este tipo de artículos para lograr una concientización de la sociedad.

Oscar Agredano 

19 Agosto 2013