martes, 24 de septiembre de 2013

The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo Groisman (Oscar Agredano)

The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo Groisman
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza

La diferenciación de especies dentro de una misma familia es esencial no solo por el hecho de conocer de que se alimentan o el hábitat en que viven y las condiciones en que lo hacen como por ejemplo la temperatura, en el caso de las bacterias es realmente importante ya que microorganismos pertenecientes a una misma familia resultan ser patogénicos o benéficos para el organismo huésped. Como en el caso de los humanos la Salmonella entérica que nos causa una enfermedad cuya principal manifestación es la gastroenteritis aguda  o el caso de Escharichia coli quien forma parte esencial de nuestra flora intestinal, ambas pertenecientes a la misma familia de Enterobacterias.
¿Pero que es lo que hace a estas primas ser patógenas o no? La respuesta es la genética que las separa, ya sea por genes que tenga una y la otra no o un supresor de genes o variación en la secuencia de aminoácidos de las proteínas, estas probablemente ocurrieron mediante un proceso conocido como transferencia horizontal de genes o por la diferente secuenciación en diferentes proteínas y estos pequeños cambios alteran dramáticamente las funciones. 
Este tipo de variaciones genéticas son abundantes en organismos procariontes a diferencia de los eucariontes y probablemente se la razón de la gran diversificación de bacterias, convirtiendo a las bacterias en la forma más abundante de vida.
24 de septiembre de 2013


viernes, 20 de septiembre de 2013

Interactions with Partners Are Key for Oceanic Nitrogen-Fixing Cyanobacteria por Jonathan P. Zehr (Oscar Agredano)

Interactions with Partners Are Key for Oceanic Nitrogen-Fixing Cyanobacteria por Jonathan P. Zehr
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza

La fijación del nitrógeno es la base de interacciones simbióticas entre bacterias y leguminosas, plantas y animales terrestres.  En los océanos las cianobacterias son las encargadas de este proceso el cual da como resultado el regreso del Nitrógeno a la atmosfera, lo cual es esencial en el ciclo de dicho elemento e incluso para la vida. Estas cianobacterias se pueden encontrar en flotando en la superficie para obtener luz solar, así como en aguas profundas para obtener fosforo y hierro. Existe gran diversidad de dichos microorganismos y el  uso de oxigeno para la fotosíntesis de estos organismos no inhibe la fijación del nitrógeno.  Las cianobacterias marinas realizan la misma tarea que sus primas terrestres quienes gracias a la fijación del nitrógeno facilitan la vida a múltiples organismos.  Las cianobacterias se han aliado a las diatomeas que son algas unicelulares microscópicas con quienes realizan una interacción simbiótica donde se transfieren nitrógeno  la una a la otra. Existen muchos tipos de simbiosis entre los distintos tipos de cianobacterias fijadoras de nitrógeno como las unicelulares que están estrechamente vinculadas con las haptophytas que son también un grupo de algas unicelulares, estas células son demasiado cercanas e incluso trabajan como una misma sin estar una dentro de la otra, este lazo entre las distintas células nos hace reflexionar si en el erase una vez fue probablemente lo que sucedió cuando los cloroplastos evolucionaron a manera de endosimbiontes lo que  desemboco en los principales linajes de microalgas.
20 de septiembre de 2013

Microbial Origins and Consequences of Dimethyl Sulfide por: Andrew W. B. Johnston (Oscar Agredano)

Microbial Origins and Consequences of Dimethyl Sulfide por: Andrew W. B. Johnston, Jonathan D. Todd, and Andrew R. J. Curson
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza

La importancia del dmsp para la vida en en  el mar, DMSP es producida por organismos marinos como el fitoplancton, donde es esencial para realizar determinadas funciones, como de defensa y protección, este producto químico es muy importante en el mundo marino, es muy abundante entre los organismos que lo producen (actualmente se producen alrededor de 1 000 000 000 millores de toneladas en los mares). El DMS es producto de la descomposición de DMSP, a través de microbios marinos que logran romper  el DMSP en DMS, siendo este uno de los principales conductos por el cual lleva el azufre del mar al aire y de regreso a la tierra por medio de la precipitación.
Parte del DMS es catabolizado por microbios marinos pero alrededor de 50 toneladas logran llegar a la atmosfera donde se oxida para formar iones que se unen a moléculas de agua formando nubes y de esta manera reduciendo la radiación en la superficie de la Tierra, por lo que distintos animales marinos que son sensibles al DMS, como son focas, crustáceos y pingüinos se acercan debido a que señala potencial de obtener comida.
Actualmente se llevan a cabo investigaciones en la Universidad de Georgia en Atenas, así como en Norwich en el Reino Unido, donde se enfocan en la genética y genómica de las vías que liberan el DMS del DMSP. En dicha investigación se encontraron con distintos genes y enzimas las cuales se encuentran en distintas bacterias  que logran catabolizar el DMSP por lo que llegaron a la hipótesis que es un sutrato relativamente nuevo por lo que aun se encuentran en un proceso de evolución o aprendizaje  de sus sistemas catabólicos dejando abiertas un sinfín de preguntas y posibilidades.
20 de septiembre de 2013

Oceans of Crenarchaeota: a Personal History Describing This Paradigm Shift por: Jed A. Fuhrman (Oscar Agredano)

Oceans of Crenarchaeota: a Personal History Describing This Paradigm Shift por: Jed A. Fuhrman
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza

En el pasado el pasado la forma de catalogar a los seres vivos era de dos formas Procarionte o Eucarionte, estos dos grandes dominios abarcaban todos los seres vivos dividiendo a los organismos que poseen celular con núcleos definidos y los que no presentaban núcleo definido. No fue hasta 1977 que Woese y Fox instauraron el sistema de tres dominios basándose en las diferencias encontradas en la secuencia de ARN ribosomal, estos tres dominios son: Bacteria, Archea y Eucaria.
El dominio nuevo Archea se divide en dos reinos Crenarchaeota que contenía a grupos de termófilos, y e Euryarchaeota que estaba formado por metanogenos y halófilos que son organismos que viven en condiciones salinas extremas. El estudio realizado por Fuhrman, McCallum, y Davis donde tomaron muestras a media profundidad en alta mar y encontraron organismos cuyo 16s era demasiado cercano a lo que Woese llamaba Crenarchaeota esto fue imprevisto pues se creía que los pertenecientes a dicho reino no suelen habitad aguas bien oxigenadas, con salinidad y temperatura ordinaria como las muestras de agua de mar obtenidas. Este descubrimiento revelo que dichos microorganismos son extremadamente abundantes y componente esencial del metabolismo del mar profundo.
Hoy en día gracias al desarrollo de la ciencia y tecnología se han logrado descubrimientos inimaginables, pero más importante es el uso de estos y poder analizar con ayuda de estos pues si bien dicen que todo está solo falto ser descubierto, es ahí donde recae la importancia del uso y desarrollo del pensamiento científico.
20 de septiembre de 2013

martes, 17 de septiembre de 2013

Microbial Syntrophy: Ecosystem-Level Biochemical Cooperation por Michael J. McInerney, Jessica R. Sieber, and Robert P. Gunsalus (Oscar Agredano)

Microbial Syntrophy: Ecosystem-Level Biochemical Cooperation por Michael J. McInerney, Jessica R. Sieber, and Robert P. Gunsalus
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza

Sabemos que la tanto la materia como la energía no se crea ni se destruye solo se transforma y este principio aplica incluso a nivel bacteriano y no solo eso sino que la materia/energía liberada como desecho de un organismo puede ser el pan de cada día de otro. Sabemos que los ciclos biogeoquimicos se basan en el procesamiento natural de distintos elementos como puede ser azufre o incluso el agua.
Un elemento esencial en dichos ciclos somos los seres vivos que de distinta manera transformamos todo a nuestro paso, como se puede observar en la respiración celular, donde: 1  glucosa + 6 oxigeno se transforman en: 6 agua + 6 dióxido de carbono + energía.  Todos estos elementos son indispensables para la vida y los obtenemos de los “desechos” de distintos organismos como plantas y bacterias.
El mutualismo y la simbiosis son características que han permitido la vida prácticamente desde el origen y a nivel bacteriano es prácticamente una analogía a pequeña escala de lo que sucede con organismos como nosotros, pero finalmente no podríamos existir si los microorganismos no realizaran estas funciones como el caso de bacterias que son esenciales en la descomposición y ciclo de nitrógeno, pero a su vez se crea una cadena reciproca que permite la vida en sus distintas formas, por lo que me atrevería a decir que la simbiosis y mutualismo no es exclusivo de ciertos organismos como  por ejemplo las distintas bacterias que habitan en los distintos niveles de un tapete microbiano, sino que todos los organismos formamos parte de un mutualismo global en donde cada uno de los organismos está ligado entre si , pues si bien dicen que todo tiene que ver con todo.

17 de septiembre de 2013

miércoles, 11 de septiembre de 2013

"The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo A. Groisman" (Oscar Agredano)

The Impact of Differential Regulation on Bacterial Speciation por Eduardo A. Groisman
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza

La variabilidad genética es la responsable de todo lo que existe y existirá con vida en este planeta, existen formas de vida mucho más simples y autosustentables de lo que es la forma de vida humana, sin embargo por alguna razón a la vida le gusto complicársela.  
Esta variabilidad genética lo es todo cuando hablamos sobre la supervivencia de microorganismos, no digo que no sea el caso en otras formas de vida, como podría ser entre perros y lobos. No obstante en el caso de microorganismos como las cianobacterias menos de 500 genes significan la vida o la muerte, pues si se toman muestras de distintos mares y se intercambian, estas no logran sobrevivir debido a las condiciones de luz, salinidad, etc. 
Por otro lado esta versatilidad de microorganismos ha impactado al ser humano al resultar de carácter patógeno o no patógeno. Por ejemplo Escherichia coli quien forma parte de nuestra flora intestinal y día a día nos ayuda a un buen funcionamiento del sistema digestivo de manera reciproca nosotros proporcionamos un hábitat propicio para la vida de estos pequeños seres. En tanto que si observamos a su prima la Salmonella Enterica, quien cuando va de visita con su prima E. coli dentro de nuestras vísceras logra provocar una gastroenteritis aguda. Como es que siendo genéticamente tan parecidas en realidad son totalmente distintas en cuanto a lo que comen, donde viven y lo que producen.  Es ahí donde recae la importancia de la diferenciación de especies mientras que una  especie nos da vida, la otra nos la limita.
11 de septiembre de 2013


martes, 10 de septiembre de 2013

Unveiling Prochlorococcus por Sallie W. Chisholm (Oscar Agredano)

Unveiling Prochlorococcus por Sallie W. Chisholm
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza
El artículo nos muestra como existe un mundo más allá de limitada visión humana, incluso cuando este mundo aparentemente aislado con el nuestro en realidad está directamente vinculado.
Me podría atrever a decir que el escepticismo y la perseverancia humana son el principal motor del desarrollo científico, pues el ir más allá de lo que se conoce y de lo que está establecido, tal es el ejemplo que nos pone  Sallie             Chisholm en su artículo, donde la observación e investigación de Plochorocuccus, estos organismos desembocaron en el descubrimiento de un engranaje importante en el funcionamiento de la Tierra, esto debido a que estos pequeñuelos son mucho  más abundantes que el fitoplancton, ambos encargados de la fotosíntesis en el mar, proceso bastante significativos para cualquier ser vivo.
Este microorganismo siendo la esencia de la vida, como la describe Sallie, logra separar el agua en hidrogeno y oxigeno usando la luz solar con tan solo 1 700 genes que la conforman, mientas que para nosotros los humanos  con alrededor de 20 000 es algo imposible. Pero este microorganismo también nos muestra la escancia de la vida de manera que al comparar Plochorocuccus de distintas aguas marinas del planeta, se puede observar la diversidad en pequeña escala, debido a que comparten unos 1 200 genes de base, el resto hace que cada uno de estos organismos sobreviva en entornos aparentemente iguales a simple vista, pero en realidad ningún pode estos podría habitar en el lugar del otro. Esto se pudo lograr observar gracias al desarrollo de la mejor amiga de la ciencia, es decir la tecnología, pues gracias a al secuenciación de genes hoy en día se conocer mas allá de lo que nuestros sentidos nos lo permite.

10 de septiembre de 2013

martes, 3 de septiembre de 2013

“Gut Microbe-Host Metabolic Interactions in Health and Disease” por Jia Li & Julian Marchesi (Oscar Agredano)

“Gut Microbe-Host Metabolic Interactions in Health and Disease” por Jia Li & Julian Marchesi
Grupo 5013 UNAM
PROFRA. Valeria Souza
Los microbios y bacterias se encuentran en la Tierra desde tiempos remotos y su papel es de suma importancia para el equilibro biológico, desde descomponer los excrementos del ganado, sintetizar el azufre en el fondo del mar, formando parte de la los ciclos esenciales para la vida.
Pero no hay que ir tan lejos para valorar su importancia, más bien habrá que hacer una introspección, pues se encuentran en nuestras entrañas y tienen que ver más de lo que uno se puede imaginar  en funciones digestivas y metabólicas. Se ha descubierto que enfermedades desde problemas gastrointestinales, cáncer de colon, obesidad y diabetes están directamente relacionadas con los microbios presentes en nuestro sistema digestivo.      
En un experimento se implantaron microbios en una rata genéticamente modificada con diabetes (sin obesidad), logrando disminuirlo, comprobando el papel de las bacterias en el sistema. La aplicación de las bacterias también ha impactado la cirugía, la denominada cirugía metabólica, en especifico la gastrectomía donde se remueve parte del estomago lo que genera mejoras en el sistema desde supresión del apetito hasta control del diabetes. 
Se ha descubierto que estos microbios intestinales no solo interfieren en procesos metabólicos y siendo un factor importante en los enfermedades “digestivas” por así llamarlas, sino que otros estudios han demostrado que también juegan un determinado papel en enfermedades de carácter neurológico, tales como el Alzheimer y el autismo, encontrarse niveles inusuales de dichos microorganismos en la orina con pacientes que padecen las enfermedades.
Aunque aún no se conocen precisamente como  es que todo esto se lleva a cabo, es importante reconocer la importancia de dicho objeto de estudio ya que puede ser una respuesta a futuros tratamientos de distintas enfermedades, por lo que dichas investigaciones bastante significativas.
 3 septiembre de 2013

“Living Machines” por Natalie Kuldell (Oscar Agredano)


“Living Machines”  por Natalie Kuldell
Grupo 5013 UNAM
Profra. Valeria Souza
La competividad humana es una cualidad que de alguna manera ha empujado el desarrollo científico/tecnológico a lo largo de la historia, lo podemos ver en el caso de las guerras donde la rivalidad entre países llevo desde el descubrimiento de nuevos elementos a el lanzamiento de los primeros satélites espaciales durante la guerra fría. Pero no todas estas competencias con bélicas o con fines de lucro.  En MIT se llevan a cabo competencias desde hace ya varias décadas entre estudiantes de ingeniería mecatronica donde ponen en práctica sus habilidades y conocimiento para construir un robot con determinados componentes y de esta manera vencer a los robots de otros equipos.
Hace unos 10 años, también en MIT se celebra la competencia entre estudiantes de distintas partes del mundo en biología sintética o también conocida como ingeniería biológica, esta competencia ha ido creciendo cada año y en 2004 un grupo de estudiantes apareció en la revista “Nature” gracias a su participación donde lograron transmitir a través de bacterias la palabra “hello” mediante la manipulación genética.
El propósito de este tipo de actividades no es solo poner a prueba a los estudiantes sino que también que cada vez más gente se interese por la ciencia y se logre compartir y dar a conocer estos novedosos proyectos  y también se invita a adoptar este sistema  para lograr un aprendizaje holístico y significativo que va mucho más allá de la memorización.
Fuente: https://www.dropbox.com/sh/m3vre40b579kue9/KbALW8-8eh/como%20ensamblar%20la%20vida.pdf
 3 de septiembre de 2013
Oscar Agredano